Japanese ( Ya )
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【 扼殺 】
手で首を絞めて殺すこと。ターミナルドグマに侵入した第十七使徒・タブリス（渚カヲル）は追撃の任に当たっていた初号機によって捕獲、右手で握り潰されるようにして殲滅された。
【 ヤシマ作戦 】
第5使徒「ラミエル」を撃破するために葛城ミサト作戦課長が提唱した作戦。長射程の加粒子砲と強力なA.T.フィールドを持つ同使徒に対し、射程外からの長々距離射撃でコア一点の狙撃を企図したもの。因みに作戦名「ヤシマ」は、文治元年（1185）の「屋島の戦い」で那須与一が馬上から、船上の扇を弓で射抜いた伝説に由来する。日本中の電力を集めた作戦ということで、「八洲作戦（古代、日本は八洲と呼ばれていた）」という意味も含まれている。
【 柳原隊 - Yanagihara party 】
戦略自衛隊・ネルフ制圧部隊。新庄隊と共に下層へ突入。
【 ヤハウェ - Yahweh 】
旧約聖書の神名だがこれは誤読で、本来は「エホバ」と呼ぶ。イスラエル人の信仰する、天地万物の創造神。
【 ヤマアラシのジレンマ - Hedgehog's Dilemma 】
相手に自分の温もりを伝えたいと思っても、身を寄せれば寄せるほど体中のトゲでお互いを傷つけてしまうこと。
【 山岸支隊 - Yamagishi party 】
戦略自衛隊・ネルフ制圧部隊。セントラルドグマ突入後、第七ケイジを制圧。エヴァ初号機をベークライトで確保し、パイロットとの物理的接触を絶った。
【 山岸マユミ - Mayumi Yamagishi 】
セガサターン用ソフト「2nd Impression」オリジナルキャラクター。内気で人と接することが苦手。本を読むことが好きで、いつも一人で本を読んでいる。地球防衛バンドのボーカルらしい。2001年2月生まれの14歳。苗字の山岸は小説「愛と幻想のファシズム」に出てくる「山岸良治」から。
【 山口県宇部市 - Ube City of Yamaguchi 】
庵野秀明氏の出身地。
Japanese ( Yu )
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【 ユイ - Yui 】
→碇ユイ
【 優等生 】
アスカがレイを呼ぶときに使う言葉。
【 誘導兵器システムビル 】
→第25誘導兵器システムビル（甲・H型）
【 輸送台兼拘束具 - EVA's Lift 】
EVA専用輸送台兼拘束具。ケイジに於いて待機している場合や地上に射出する際に使用される。後部のリニアレール用台車を使用し、射出路を高速移動する。地上射出の後、両肩両腕の安全装置を解除、リフト・オフとなる。
【 ユダヤ教 - Judaism 】
ユダヤ民族（イスラエル民族）から発生した宗教。ユダヤ人が信奉する宗教。信仰対象は唯一絶対の神「ヤハウェ」で、自民族はヤハウェの民、神より選ばれた民として「モーゼの律法」を重んじ、旧約聖書を経典とする。狭義にはバビロン捕囚後の神殿の祭儀と律法中心のユダヤ人の宗教。
【 ユナイデット・ステイツ 】
→オーバー・ザ・レインボー
【 ユニゾン - Unison 】
音楽用語で和音の意。一致、調和と訳されるが、むしろ斉唱や完全一致を示す音楽用語として用いられるのが一般的。因みにシンジとアスカが着用を義務付けられたペアルックは、グレコローマン式レスリングウェア調のスパッツとカットオフのTシャツ。ユニゾン特訓に用いられた機器は、1970年ごろ大流行したパーティー・ゲーム「ツイスター」に酷似している（ヘッドフォンは小型電池内蔵のコードレスタイプ）。
Japanese ( Yo )
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【 要撃 - Interception 】
待ち伏せをして敵を攻撃すること。
【 養護教諭 】
児童生徒の保健管理と指導を専門とする教諭。教育職員免許法による養護教諭免許状を必要とする。
【 ようこそNerv江 】
→マニュアル
【 陽電子 - Positron 】
電子の反粒子。質量・スピンが電子に等しく、正の電荷をもつ素粒子。電子と対になって発生し、物質中に入ると電子との相互作用で消滅して光子に変わる。
【 陽電子砲円環加速式試作20型 - Positron Rifle 】
EVA専用陽電子砲（円環加速式試作20型）。ヤシマ作戦に於いて使用が検討されたが、1億8000万kwの大出力に耐えられないため却下。その後、数回に亘って改良が施され、数々の使徒迎撃作戦に投入される。荷電粒子を磁気加速器で加速させるのでこの名称が付けられた。
【 ヨクト - yocto 】
国際単位系（SI単位系）の接頭語。10のマイナス24乗倍。
【 横浜 - Yokohama 】
第六使徒ガギエルとの戦闘ポイント。ミサトが提案した"戦艦二隻による零距離射撃"作戦行動予定図に、セカンドインパクトによって海没した旧横浜市街の地形がうかがえる。
【 四人目の適格者 - FOURTH CHILDREN 】
TV本編第拾七話のサブタイトル。
【 ヨハネの黙示録 - Revelation of St,John the Divine 】
新約聖書中の一書。95年頃のローマのドミティアヌス帝によるキリスト教迫害を背景に成立。七つの協会への手紙、及び七つの幻の部分からなり、特にサタンと戦う神の子としてのキリストを描き、世の終わりに至るまでの教会の姿を記して、神の意思を示したもの。
【 依代（よりしろ） 】
神霊が出現するときの媒体となるもの、または神霊の寄りつくもの。冬月はレイのことをゲンドウにとっての「希望の依代」だと言っている。